ในระหว่างที่ผู้ถูกกล่าวหาดำรงตำแหน่งนายกฯ ก็ได้ปฏิบัติหน้าที่หรือใช้อำนาจในตำแหน่งหน้าที่ สั่งการ มอบนโยบาย รวมทั้งเจ้าหน้าที่ของรัฐและหน่วยงานของรัฐภายใต้บังคับบัญชา หรือกำกับดูแลของผู้ถูกกล่าวหากระทำการที่เป็นการเอื้อประโยชน์แก่บริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่น จำกัด (มหาชน) และบริษัทในเครือเป็นจำนวนมาก คือ
1.กรณีแปลงค่าสัมปทานเป็นค่าภาษีสรรพสามิต โดยมีการตรา พ.ร.ก.แก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.พิกัดอัตราภาษีสรรพสามิต พ.ศ.2527 พ.ศ.2546 ซึ่งกรณีดังกล่าวทำให้มีการจัดเก็บภาษีสรรพสามิตจากกิจการโทรคมนาคม โดยให้นำค่าสัมปทานมาหักกับภาษีสรรพสามิต อันเป็นการเอื้อประโยชน์ให้กิจการของผู้ถูกกล่าวหาและพวกพ้อง อีกทั้งยังมีการกำหนดพิกัดอัตราภาษีสรรพสามิตเพิ่มสูงขึ้นเป็นร้อยละ 20-50 ทำให้ผู้ประกอบการรายใหม่ต้องรับภาระมากขึ้น ในขณะที่ผู้ประกอบการรายเดิมมีสิทธินำค่าสัมปทานไปหักจากภาษีของตนได้ พฤติกรรมของผู้ถูกกล่าวหาจึงเป็นการกีดกันระบบโทรคมนาคมเสรีอย่างแท้จริง ทำให้ไม่มีผู้ประกอบการรายใหม่เข้ามาประกอบกิจการแข่งขันกับบริษัทเอไอเอส
2.กรณีการแก้ไขสัญญาอนุญาตให้ดำเนินกิจการโทรศัพท์เคลื่อนที่ ลงวันที่ 27 มีนาคม 2533 (ครั้งที่ 6) เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2544 ปรับลดอัตราส่วนแบ่งรายได้จากการให้บริการโทรศัพท์เคลื่อนที่แบบใช้บัตรจ่ายเงินล่วงหน้า ให้แก่บริษัท เอไอเอส ซึ่งจากการจัดทำข้อตกลงต่อท้ายสัญญา (ครั้งที่ 6) ดังกล่าว ส่งผลให้บริษัทเอไอเอสจ่ายส่วนแบ่งรายได้จากการให้บริการโทรศัพท์เคลื่อนที่แบบใช้บัตรจ่ายเงินล่วงหน้าให้แก่ บริษัท ทศท ในอัตรา 20% คงที่ตลอดอายุสัญญาสัมปทานตั้งแต่วันที่ 1 มิถุนายน 2544 จากเดิมที่ต้องจ่ายตามสัญญาอนุญาตให้ดำเนินกิจการบริการโทรศัพท์เคลื่อนที่เป็นแบบก้าวหน้าในอัตรา 25% ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2543-30 กันยายน 2548 และในอัตรา 30% ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2548-30 กันยายน 2548 ซึ่งเป็นวันสิ้นสุดสัญญาสัมปทาน
3.กรณีการแก้ไขสัญญาอนุญาตให้ดำเนินกิจการโทรศัพท์เคลื่อนที่ ฉบับลงวันที่ 27 มีนาคม 2533 (ครั้งที่ 7) เมื่อวันที่ 20 กันยายน 2545 เพื่ออนุญาตให้ใช้เครือข่ายร่วม และให้หักค่าใช้จ่ายจากรายรับ และกรณีการปรับลดอัตราค่าใช้เครือข่ายรวม เป็นการเอื้อประโยชน์แก่บริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่นฯ และบริษัท เอไอเอส การแก้ไขเพิ่มเติมสัญญาที่ให้บริษัท เอไอเอส เข้าไปใช้เครือข่ายร่วมผู้ให้บริการรายอื่นมีผลต่อการจ่ายเงินผลประโยชน์ที่บริษัท เอไอเอส ต้องจ่ายให้แก่ บริษัท ทศท และบริษัท กสท ไม่น้อยกว่า 18,970,579,711 บาท กลายเป็น บริษัท เอไอเอส จะได้รับผลประโยชน์ที่ไม่ต้องจ่ายเงินจำนวนดังกล่าว ซึ่งบริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่นฯ ที่ผู้ถูกกล่าวหาถือหุ้นเป็นผู้ถือหุ้นในบริษัท เอไอเอส ดังนั้นผลประโยชน์ที่บริษัท เอไอเอส ได้รับดังกล่าวจึงตกกับหุ้นบริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่นฯ ที่ผู้ถูกกล่าวหาถือในระหว่างดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี เป็นเหตุให้หุ้นมีมูลค่าสูงขึ้น จนกระทั่งได้มีการขายหุ้นให้แก่กลุ่มเทมาเส็กของประเทศสิงคโปร์
4.กรณีละเว้น อนุมัติ ส่งเสริม สนับสนุนธุรกิจดาวเทียมตามสัญญาดำเนินกิจการดาวเทียมสื่อสารภายในประเทศโดยมิชอบหลายกรณี ได้แก่ การอนุมัติโครงการดาวเทียมไอพี สตาร์, การอนุมัติแก้ไขสัญญาสัมปทาน ครั้งที่ 5 วันที่ 27 ตุลาคม 2547 ลดสัดส่วนการถือหุ้นของบริษัท ชินคอร์ปอเรชั่นฯ ในบริษัท ชิน แซทเทลไลท์ ที่เป็นผู้ขออนุมัติสร้างและส่งดาวเทียมไทยคม และการอนุมัติให้ใช้เงินค่าสินไหมทดแทนของดาวเทียมไทยคม 3 จำนวน 6.7 ล้านดอลลาร์สหรัฐ ไปเช่าช่องสัญญาณต่างประเทศ อันเป็นการเอื้อประโยชน์บริษัท ชิน คอร์ปอเรชั่นฯ และบริษัท ชิน แซทฯ
5.กรณีอนุมัติให้รัฐบาลสหภาพพม่ากู้เงินจากธนาคารเพื่อการส่งออกและนำเข้าแห่งประเทศไทย (เอ็กซิมแบงก์) เพื่อนำไปซื้อสินค้าและบริการของบริษัท ชิน แซทฯ โดยเฉพาะ ซึ่งครั้งแรกผู้ถูกกล่าวหาได้สั่งการเห็นชอบให้เอ็กซิมแบงก์ให้วงเงิน 3,000 ล้านบาท แก่รัฐบาลสหภาพพม่า แล้วต่อมาได้สั่งการเห็นชอบเพิ่มวงเงินกู้อีก 1,000 ล้านบาท รวมเป็นเงิน 4,000 ล้านบาท สำหรับโครงการพัฒนาระบบโทรคมนาคมของสหภาพพม่า โดยให้กู้ในอัตราดอกเบี้ยต่ำกว่าต้นทุน รวมทั้งให้ขยายระยะเวลาปลอดการชำระหนี้ การจ่ายเงินต้นจาก 2 ปี เป็น 5 ปี เพื่อประโยชน์ของบริษัท ชิน แซทฯ ที่ผู้ถูกกล่าวหาและครอบครัวชินวัตรกับพวกมีผลประโยชน์ถือหุ้นอยู่ ในการให้ได้รับงานจ้างพัฒนาระบบโทรคมนาคมจากรัฐบาลสหภาพพม่า