ด้านความคิดเห็นของกลุ่มเอ็นจีโอต่างๆ ภายหลังมีบทความของสื่อนอกออกมาวิจารณ์วัดพระบาทน้ำพุ
วันเดียวกัน พญ.ประคอง วิทยาศัย กรรมการมูลนิธิเกื้อดรุณ ผู้ดูแลเด็กติดเชื้อเอชไอวี กล่าวว่า ไม่อยากพูดถึงเรื่องเงินบริจาคของวัดพระบาทน้ำพุ เนื่องจากเป็นเงินที่ได้มาจากประชาชนที่มีจิตศรัทธา ส่วนเงินนั้นจะนำไปใช้อย่างไรขึ้นอยู่กับผู้บริหารวัด แต่สิ่งที่รู้สึกติดใจมีอยู่เรื่องเดียวคือ ครั้งหนึ่งเคยเข้าไปเป็นวิทยากรให้ความรู้แก่ผู้ติดเชื้อ เห็นว่าที่วัดพระบาทน้ำพุนำผู้ป่วยเอดส์มาไว้รวมกัน แต่ไม่ได้รับการรักษาอย่างถูกวิธีอย่างที่ผู้ติดเชื้อเอดส์ควรจะได้รับ และที่สำคัญคือไม่มีแพทย์ผู้เชี่ยวชาญประจำอยู่ที่วัดแต่อย่างใด
นายสำราญ ทะกัน ประธานศูนย์บ้านสีม่วง กล่าวว่า ไม่เคยรับรู้เรื่องบริหารเงินบริจาคของวัดพระบาทน้ำพุ
แต่ทราบจากคำบอกเล่าจากปากผู้ติดเชื้อเอชไอวีที่เข้าไปรักษาตัว โดยทุกคนพูดเป็นเสียงเดียวว่าไม่ได้รับการดูแลเหมือนที่เคยเห็นผ่านทางสื่อต่างๆ ครั้งแรกที่ได้ฟังยังไม่เชื่อ กระทั่งมีเพื่อนคนหนึ่งติดเชื้อเอชไอวีเข้าไปอยู่ และบอกว่าไม่ได้รับการรักษา มีแต่พระเทศน์ให้ฟังเท่านั้น ไม่มีการให้ยา ไม่มีการดูแลจากแพทย์ สุดท้ายจึงต้องออกมาจากวัด ขณะที่ นายนที ธีระโรจนพงษ์ ประธานกลุ่มเกย์การเมืองไทย ซึ่งเป็นอีกเครือข่ายที่รณรงค์ต่อต้านการติดเชื้อเอดส์ในกลุ่มชายรักชาย กล่าวว่า ขณะนี้ประเด็นเรื่องวัดพระบาทน้ำพุเป็นเรื่องที่คนในสังคมพูดถึงกันมาก หากวัดต้องการยุติเรื่องนี้ก็ต้องกล้าจะเปิดเผยเรื่องที่สังคมกำลังกังขา ส่วนตัวเห็นว่าวัดน่าจะจัดเจ้าหน้าที่สาธารณสุข หรือแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ เข้าไปตรวจสุขลักษณะของผู้ป่วยให้ถูกต้องตามหลักการ ไม่ใช่ปล่อยให้ผู้ป่วยนอนอยู่ในวัดอย่างอนาถาตามที่มีคนกล่าวหา
ด้าน นายวิรัช ภู่ระหงษ์ ประธานเครือข่ายผู้ติดเชื้อเอชไอวี/เอดส์ประเทศไทย กล่าวว่า
ปัจจุบันผู้ป่วยเอดส์ไม่จำเป็นต้องเข้าไปพึ่งพิงขอความช่วยเหลือจากวัดหรือคนอื่นๆ มากมาย เนื่องจากสามารถเข้าถึงการรักษาพยาบาลได้อย่างดี ไม่ว่าจะเป็นผู้ป่วยในระบบประกันสุขภาพระบบใด โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากเป็นผู้ป่วยบัตรทองสามารถเข้ารับบริการในโรงพยาบาลของรัฐได้โดยไม่เสียค่าใช้จ่ายอีกแล้ว
นายนทีกล่าวว่า เป็นโอกาสดีที่วัดจะได้พิสูจน์ให้โลกรู้ถึงข้อเท็จจริง
โดยอาจเชิญองค์กรที่เป็นกลางเข้าไปตรวจสอบในเรื่องค่าใช้จ่ายว่าเงินที่ได้รับบริจาคมาเดือนละ 4-5 ล้านบาท เอาไปใช้อะไรบ้าง ในเมื่อไม่ต้องเสียเงินซื้อยา ซึ่งได้รับจากกระทรวงสาธารณสุขแล้ว
"ผมอยู่ในแวดวงการรณรงค์ต่อต้านโรคเอดส์มานานกว่า 18 ปี ทำให้มองเห็นอีกประเด็นสำคัญที่น่าเป็นห่วง คือการสาธารณสุข โดยกังวลว่าวัดซึ่งไม่ใช่สถานพยาบาลโดยตรงจะมีการสาธารณสุขที่ดีพอ เทียบเท่าสถานพยาบาลหรือไม่ เจ้าหน้าที่ที่ดูแลและอุปกรณ์เครื่องมือจะมีคุณภาพและมาตรฐานด้วยหรือไม่ สิ่งที่น่าเป็นห่วงคือโรคเฉพาะทางอย่างวัณโรค หากไม่มีการสาธารณสุขที่ดี อาจกลายเป็นการแพร่เชื้อได้มากขึ้นจนกลายเป็นตัวเร่งให้ผู้ป่วยเสียชีวิต จึงอยากให้วัดช่วยพิจารณาในเรื่องนี้ด้วย" นายนทีกล่าว
นพ.ธวัช สุนทราจารย์ อธิบดีกรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข กล่าวว่า
บทความที่เผยแพร่เป็นความเข้าใจผิด ควรให้กำลังใจพระครูอุดมประชาทรที่ช่วยดูแลกลุ่มคนซึ่งทุกข์ยากมากกว่าไปโจมตี แต่เมื่อ 10 กว่าปีที่ผ่านมา ยอมรับว่ามีผู้ติดเชื้อเอดส์ที่วัดพระบาทน้ำพุไม่ได้รับยาต้านไวรัสเอดส์ เพราะยาต้านไวรัสเพิ่งถูกคิดค้นและมีโครงการของรัฐเมื่อ 4-5 ปีที่ผ่านมา ทำให้ผู้ป่วยบางส่วน โดยเฉพาะที่ไม่มีบัตรทอง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวม้งและติดเชื้อจากการใช้เข็มฉีดยา ไม่สามารถเข้าถึงยาได้ ช่วงนั้นพระอาจารย์อลงกตได้ดูแลผู้ป่วยอย่างดีมาโดยตลอด และเมื่อมีโครงการเข้าถึงยาต้านไวรัสเอดส์ของรัฐบาล เหตุการณ์เหล่านั้นก็ไม่เกิดขึ้นอีก เนื่องจากกระทรวงสาธารณสุขดูแลผู้ป่วยให้เข้าถึงยาอย่างมีคุณภาพทุกคน
“ส่วนประเด็นการละเมิดสิทธิผู้ป่วยในการนำร่างผู้เสียชีวิตมาทำเป็นพิพิธภัณฑ์นั้น คงต้องแล้วแต่มุมมองว่าจะคิดอย่างไร จะคิดว่าละเมิดก็ได้ หรือจะคิดว่าทำเพื่อให้การศึกษา เตือนใจประชาชนคนอื่นก็ได้เช่นกัน เพราะไม่มีกฎหมายห้ามไว้ ศพที่วัดพระบาทน้ำพุส่วนใหญ่มักไม่มีญาติพี่น้องมารับกลับหรือดูแล ทำให้วัดมีแนวคิดว่าอยากช่วยรณรงค์ โดยการทำเป็นพิพิธภัณฑ์มนุษย์แทน” นพ.ธวัชกล่าว