ได้เห็นพ้องที่จะให้ความร่วมมือ ในอันที่จะแก้ไขปัญหาความรุนแรงของกลุ่มแบ่งแยกดินแดนบริเวณพรมแดนของทั้ง 2 ประเทศ ซึ่งยืดเยื้อมาเป็นเวลานานกว่า 3 ปีแล้ว และเป็นเหตุให้ชาวไทยในภาคใต้เสียชีวิตไปมากกว่า 1,900 คน
ความสัมพันธ์ระหว่างไทยกับมาเลยเซีย เคยถึงจุดตึงเครียดเมื่อครั้งที่ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร เป็นนายกรัฐมนตรี เนื่องจากทางการไทยเคยกล่าวหาว่า มาเลเซียปล่อยให้กลุ่มติดอาวุธข้ามผ่านพรมแดนเข้ามาก่อการโจมตีในประเทศไทย