ในการเลือกตั้ง ส.ส. 2 เม.ย.2549 ครั้งนี้ นอกจากจะถูกจับตาใน 271 เขตเลือกตั้งทั่วประเทศ ที่มีผู้สมัครเพียงคนเดียว พรรคเดียว คือ ผู้สมัครของพรรคไทยรักไทย และถูกจับตาว่า จะเป็นเขตเลือกตั้งที่ได้คะแนนเสียงถึง 20% ของผู้มีสิทธิเลือกตั้งหรือไม่แล้ว ยังถูกวิพากษ์ วิจารณ์ถึงการวางผังคูหาเลือกตั้งของ กกต.ที่มีบางกรณี บางประเด็น ที่สุ่มเสี่ยงว่า จะเป็นการชี้นำผู้ใช้สิทธิให้เลือกผู้สมัคร รวมทั้งเปิดช่องให้บุคคลอื่น หรือผู้สังเกตการณ์จากพรรคการเมือง มีโอกาสรู้ว่า ผู้ใช้สิทธิแต่ละคนกากบาทในช่องลงคะแนนให้หมายเลขใด ช่องใดอีกด้วย
เช่น ที่จังหวัดหน่วยเลือกตั้ง หมู่ 8 บ้านแม่คำบ้านใหม่ ต.แม่จัน อ.แม่จัน จ.เชียงราย , หน่วยเลือกตั้งที่ 3 เขตเลือกตั้งที่ 1 จังหวัดลำปาง, หน่วยเลือกตั้งในเขตเลือกตั้งที่ 3 อ.แม่ริม จ.เชียงใหม่ ฯลฯ ซึ่งล้วนแต่มีผู้สมัครจากพรรคไทยรักไทย ลงสมัครรับเลือกตั้งเพียงคนเดียวนั้น ได้มีการติดเอกสารประกาศ ส.ส.24 ที่มีรูปผู้สมัครไว้บริเวณด้านหน้าของโต๊ะลงคะแนน อันจะทำให้ผู้ใช้สิทธิเห็นรูป / ชื่อ / หมายเลข ของผู้สมัครนั้น ๆ ก่อนที่จะกากบาทในบัตรเลือกตั้งได้อย่างชัดเจน จนก่อให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์ว่า เป็นการชี้นำให้มีการลงคะแนนให้กับหมายเลขนั้น ๆ หรือไม่ อย่างไรก็ตาม หลายหน่วยเลือกตั้ง ก็ไม่ได้มีการติดรูปผู้สมัครรับเลือกตั้งหน้าโต๊ะลงคะแนนแต่อย่างใด
นอกจากนี้ ยังมีการวิพากษ์วิจารณ์ในประเด็นการหันคูหาเลือกตั้ง เข้าหาฝาผนัง หรือให้ด้านหลังผู้ใช้สิทธิออกนอกคูหาเลือกตั้งในทุกหน่วยเลือกตั้งทั่วประเทศ ซึ่งจะเป็นการเปิดช่องให้ผู้สังเกตการณ์จากพรรคการเมือง หรือบุคคลอื่น ๆ ที่อยู่นอกคูหาเลือกตั้ง มีโอกาสรู้ได้ว่า ผู้ใช้สิทธิรายใดกากบาทในช่องไหน เบอร์ไหน ซึ่งถือเป็นการกดดันผู้ใช้สิทธิให้กาเบอร์ใด เบอร์หนึ่ง หรือช่องใด ช่องหนึ่งได้