ระหว่างที่ พล.อ.ทนงศักดิ์ อภิรักษ์โยธิน ปลัดกระทรวงกลาโหม ได้นำคณะผบ.เหล่าทัพเข้าชี้แจงต่อคณะกรรมการธิการวิสามัญร่างพระราชบัญญัติงบประมาณรายจ่ายประจำปี 2557 นั้น   พล.อ.ทนงศักดิ์ ได้ตอบข้อสักถามของ นายวัชระ เพชรทอง กรรมาธิการฯ งบประมาณ  พรรคประชาธิปัตย์ ถึงการนำ พรบ.นิรโทษกรรม เข้าสู่การพิจารณาในสภากลาโหมว่า แนวทางของสภากลาโหมในการพิจารณากฎหมายนั้น ต้องเป็นการเสนอของหน่วยขึ้นตรงเข้ามาบรรจุเป็นระเบียบวาระ หรือรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมสั่งการ

โดยตรงให้นำเรื่องนี้ไปพิจารณา ซึ่งแล้วแต่สมาชิกสภากลาโหมจะพิจารณา ทั้งนี้ พล.อ.ทนงศักดิ์ ยังให้สัมภาษณ์ถึงการนำ พรบ.นิรโทษกรรมเข้าสู่การประชุมสภากลาโหมว่า สามารถนำ พรบ.นิรโทษกรรม เข้าสู่การพิจารณาของสภากลาโหมได้

หากเข้าข่ายที่กำหนดไว้ตามกฎหมาย ซึ่งหากจะมีการเสนอก็เป็นไปตามข้อ 6 ของมาตรา 43 ตาม พรบ.จัดระเบียบราชการกระทรวงกลาโหม พ.ศ.2551 ที่เขียนไว้ว่า เรื่องที่จะเสนอว่าด้วยกฎหมาย หรือรัฐมนตรีว่าการกระทวงกลาโหมกำหนดให้เสนอสภากลาโหม แต่การนำเข้ามาพิจารณาไม่ใช่ให้อำนาจสภากลาโหมออกเป็นพระราชกำหนด ซึ่งเป็นเรื่องของขั้นตอน