เมื่อ 26 มี.ค. ผู้สื่อข่าว "ข่าวสดออนไลน์" รายงานว่า พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา ผบ.ทบ.
กล่าวระหว่างการเข้าร่วมประชุมสรุปสถานการณ์ประจำวันถึงสถานการณ์ความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ว่า การทำงานร่วมกันระหว่างรัฐบาล และ กองทัพ ในการแก้ไขปัญหากำลังเดินหน้าไปด้วยดี แต่กลับมีการนำไปเสนอว่าเกิดความขัดแย้งระหว่างกัน ซึ่งไม่เป็นความจริง ปัญหาดังกล่าวต้องใช้ระยะเวลาพอสมควรในการทำให้ปัญหายุติ แต่ขณะนี้ถือว่าสถานการณ์ดีขึ้นในระดับที่ทุกฝ่ายพอใจ
มีรายงานว่า พล.อ.ประยุทธ์ ไม่พอใจการนำเสนอข่าวว่า รัฐบาลปฏิเสธแนวทางการแก้ไขปัญหาของกองทัพ ที่ดูแลกลไกการแก้ไขปัญหาภาคใต้
โดยเฉพาะการที่ พล.ต.อ. วิเชียร พจน์โพธิ์ศรี สภาความมั่นคงแห่งชาติ ได้ขอให้ พล.อ.ประยุทธ์ ซึ่งเป็นเพื่อนเตรียมทหารรุ่น 12 และ ดำรงตำแหน่ง รอง ผอ.รมน. ส่ง พล.อ.อกนิษฐ์ หมื่นสวัสดิ์ หัวหน้าชุดประสานงานกับประเทศเพื่อนบ้าน มาวางแนวทางและเตรียมจัดทำคณะทำงานเพื่อเจรจากับกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบ โดย น.ส.ยิ่งลักษณ์ ไม่ใช้แนวทางดังกล่าว แต่ได้สั่งการให้ พ.ต.อ.ทวี สอดส่อง เลขาธิการ ศอ.บต. ไปเจรจาแทน
พล.อ.ประยุทธ์ ยังไม่พอใจกับ ข่าวที่อ้างถึงเนื้อหาในหนังสือ "ลับ ลวง พราง 5" ที่กล่าวพาดพิงถึงกองทัพบก ภายใต้การนำของเขาว่ามีแนวโน้มจะออกมาปฏิวัติรัฐประหารอีกรอบ ในช่วงที่เริ่มมีการเปิดโปงขบวนการรัฐประหารปี 2549 อาจถือได้ว่าเป็น คมช.ภาค2
"ทำไมไม่เช็คหรือตรวจสอบก่อนเอาไปลง เขาพูดมาก็เชื่อหมด เอาไปเขียนหมด ก็รู้อยู่แล้วว่าคำพูดเชื่อได้หรือเปล่า" แหล่งข่าวอ้างคำพูด ผบ.ทบ. ที่วิจารณ์การให้สัมภาษณ์ของพล.อ.พัลลภ ปิ่นมณี นายทหาร จปร.7 ที่อยู่ในเหตุการณ์ช่วงรัฐประหารปี 2549 แต่ขณะนี้ดำรงตำแหน่งที่ปรึกษานายกฯ ในรัฐบาลพรรคเพื่อไทย
มีรายงานว่า ในการประชุมสรุปสถานการณ์ประจำวันในช่วงเช้า พล.อ.ประยุทธ์ ยังแสดงความไม่พอใจหน่วยงานที่รับผิดชอบการเตรียมการระบายน้ำในพื้นที่ปลายน้ำ
ซึ่งจะส่งผลกระทบให้โครงการขุดรอกคูคลอง ที่กองทัพบกรับผิดชอบไม่ปรากฏผลในการแก้ไขปัญหา โดยขอให้หน่วยทหารที่ลงไปปฏิบัติหน้าที่รวบรวมข้อมูลจัดทำเป็นเอกสารรายงานขึ้นมาตามลำดับชั้น เพื่อจะได้รายงานให้นายกรัฐมนตรีรับทราบปัญหา เพื่อรับไปดำเนินการแก้ไขและเตรียมพร้อมกับการแก้ไขปัญหาอุทกภัยได้ทันท่วงที