ผลการตรวจสอบเอกสารลับที่นายสมัคร สุนทรเวช หัวหน้าพรรคพลังประชาชน นำออกมาเปิดเผยก่อนหน้านี้ เบื้องต้นทราบจุดที่เอกสารดังกล่าวหลุดออกมาแล้ว แต่ยังอยู่ระหว่างการตรวจสอบภายในถึงผู้ดำเนินการ ส่วนกรณีล่าสุดที่มีการกล่าวหา คมช. ผ่านเว็บไซต์ไฮทักษิณ ซึ่งระบุว่า มีเอกสารที่ลงนามในคำสั่งสกัดพรรคพลังประชาชน ในการเลือกตั้งของ 3 ผู้นำ คมช.นั้น พล.อ.อนุพงษ์ ได้ปฏิเสธที่จะตอบโต้ แต่พร้อมที่จะชี้แจงต่อหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง หากมีการประสานขอทราบข้อเท็จจริงเท่านั้น
ผู้ช่วยเลขาธิการ คมช. ยังแสดงความมั่นใจด้วยว่า
กองทัพจะไม่ตกเป็นเครื่องมือของฝ่ายการเมือง แต่ยอมรับว่ากังวลในเรื่องของวินัยทหารและการดูแลความปลอดภัยด้านเอกสารมากกว่า เพราะเป็นเรื่องของมาตรการด้านความมั่นคง นอกจากนี้ พล.อ.อนุพงษ์ ระบุถึงการดูแลกำลังพลที่อาจจะเข้าไปเกี่ยวข้องกับการเมืองในช่วงเลือกตั้งด้วยว่า หากเป็นช่วงเวลานอกราชการก็สามารถทำได้ แต่ต้องมารายงานตัว และผู้บังคับบัญชาจะต้องดูแล และดำเนินการหากทำผิด