แต่ทางพนักงานสอบสวนคดีพิเศษ ได้มีมติเห็นว่า สมควรแยกสำนวนคดีทั้งข้อหาฆ่าคนตาย และข้อหาพยายามฆ่า เป็นรายคดีไป
เว้นแต่กรณีที่เหตุการณ์เกิดในเวลาและสถานที่เดียวกัน จึงจะรวมสำนวนเป็น 1 คดี โดยเฉพาะคดีพยายามฆ่า ซึ่งมีผู้เสียหายกว่า 1,000 ราย จะต้องเคารพในสิทธิของผู้เสียหายที่ได้มาร้องทุกข์เป็นรายคดี ซึ่งการสั่งคดีของอัยการสูงสุด นี้ อาจกระทบต่ออำนาจศาล เนื่องจากการไต่สวนของศาลบางรายยังไม่เสร็จสิ้น แม้อัยการจะฟ้องคดีกับผู้สั่งการ หรือ ผู้ก่อเป็นกรรมเดียวกัน แต่ก็ไม่ตัดสิทธิ์ผู้เสียหายที่ต้องการจะแยกฟ้องเป็นรายคดี ซึ่งจะต้องให้ศาลเป็นผู้ชี้ขาดต่อไป
และขณะนี้ดีเอสไอได้ส่งสำนวนให้อัยการ ทำคำร้องขอไต่สวนชันสูตรพลิกศพต่อศาลแล้ว 52 ราย และศาลมีคำสั่งแล้ว 15 ราย