จากการจัดอันดับ QS Asian Universities Ranking 2009 โดย บริษัท Quacquarelli Symonds Ltd. (QS) เป็นผู้พิจารณา ปรากฏว่า มหาวิทยาลัยมหิดล ได้รับการจัดอันดับเป็นมหาวิทยาลัยอันดับหนึ่งของประเทศไทย และเป็นมหาวิทยาลัยที่ดีที่สุดในอันดับที่ 30 ของภูมิภาคอาเซียน
โดยมีหลักเกณฑ์ในการพิจารณาให้คะแนน 5 หลักเกณฑ์ คือ Asian Academic Peer Review 30%, Asian Employer Review 10%, Student/Faculty ratio 20%, Bibliometrics – Papers per Faculty and Citations per Paper 30% (Papers per Faculty/ Citations per Paper) International factors 10% (International Faculty/ International Students/ Inbound Exchange Students/ Outbound Exchange Students)
ทั้งนี้ จากการตรวจสอบการจัดอันดับของ QS Asian Universities Ranking 2009 พบว่ามีมหาวิทยาลัยของรัฐในประเทศไทย 4 แห่ง ที่ติดอันดับใน 100 ของมหาวิทยาลัยที่ดีที่สุดในภูมิภาคอาเซียน คือ มหาวิทยาลัยมหิดล อันดับที่30 จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย อันดับที่35 มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ อันดับที่81 และมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ อันดับที่85 ตามลำดับผู้สนใจสามารถดูรายละเอียดได้ที่ www.topuniversities.com.