แม้หลวงพ่อปัญญาจะเคยตั้งอธิษฐาน...อุโบสถไม่เสร็จไม่ตาย
แต่ ณ วันนี้ ใครจะคาดคิดว่าหลวงพ่อจะจากไปก่อนที่พระอุโบสถทรงไทยประยุกต์กลางน้ำ "มรดกธรรม" ชิ้นสุดท้ายของหลวงพ่อจะสำเร็จลุล่วง ความตั้งใจที่จะสร้างพระอุโบสถทรงไทยประยุกต์กลางน้ำ"มรดกธรรม" ชิ้นสุดท้ายของ พระพรหมมังคลาจารย์หรือหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ ให้แก่มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อใช้ในการทำสังฆกรรม อันเป็นกิจของสงฆ์ที่เป็นหมู่คณะจะพึงปฏิบัติร่วมกัน ในการศึกษาเล่าเรียนที่มหาวิทยาลัย ซึ่งต้องใช้งบประมาณถึง 136 ล้านบาท
แม้ว่าท่านจะไม่ได้เป็นพระที่อยู่ในจ.พระนครศรีอยุธยาแต่ชาวจังหวัดพระนครศรีอยุธยาก็รู้สึกเสียใจ
โดยก่อนที่ท่านจะมรณภาพ หลวงพ่อได้เดินทางมายัง จ.พระนครศรีอยุธยา บ่อยครั้ง เพื่อตรวจเยี่ยมการก่อสร้างพระอุโบสถทรงไทยประยุกต์กลางน้ำ2 ชั้น อยู่กลางสระน้ำขนาดใหญ่ พื้นที่ชั้นบนรองรับพระสงฆ์ได้ 400 รูป และมีลานล้อมรอบพระอุโบสถ ส่วนชั้นล่างเป็นฐานพระอุโบสถครอบคลุมพื้นที่ลานจากส่วนบน จึงมีขนาดกว้าง และอยู่ต่ำกว่าระดับน้ำ รองรับคณะสงฆ์ได้ 4,000 รูปหลังนี้
หลวงพ่อปัญญา ต้องการสร้างพระอุโบสถทรงไทยประยุกต์กลางน้ำให้แก่มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อให้เป็นศูนย์กลางประกอบพิธีทางพระพุทธศาสนา และเป็นที่ท่องเที่ยวทางประวัติศาสตร์ ทดแทนสิ่งก่อสร้างที่สำคัญที่ถูกทำลายไปในครั้งเสียกรุงศรีอยุธยา ซึ่งเหลือเพียงซากปรักหักพัง