ถือเป็นวาระสำคัญยิ่งในเชิงประวัติศาสตร์อีกครั้งหนึ่ง สำหรับหมายกำหนดการ สมเด็จพระจักรพรรดิ และ สมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น เสด็จฯ เยือนประเทศไทย เป็นการส่วนพระองค์ ระหว่างวันที่ 5-6 มี.ค. พ.ศ.2560 เพื่อถวายพระราชสักการะพระบรมศพ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช
ทั้งนี้ สำนักพระราชวังอิมพีเรียลประเทศญี่ปุ่น แจ้งหมายกำหนดการ เสด็จพระราชดำเนิน ของสมเด็จพระจักรพรรดิ อากิฮิโตะ และสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ ผ่านสถานเอกอัคราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทยว่า สมเด็จพระจักรพรรดิ อากิฮิโตะ และสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ จะเสด็จพระราชดำเนินถึงท่าอากาศยานกองบัญชาการกองทัพอากาศ โดยเครื่องบินพระที่นั่งเที่ยวบินพิเศษของรัฐบาลญี่ปุ่น ในเวลา 13.45 น. จากนั้น เสด็จฯโดยรถยนต์พระที่นั่งไปโรงแรมแมนดาริน โอเรียนเต็ล กรุงเทพฯ ซึ่งเป็นโรงแรม ที่ประทับ
และเวลา 18.00 น. ทั้ง 2 พระองค์เสด็จถึงพระบรมมหาราชวัง เสด็จขึ้นพระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท ทางบันไดมุขกระสัน พระที่นั่งพิมานรัตยา (ทรงสดับพระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรม 1 จบ ประมาณ 5 นาที) ทรงวางพวงมาลาถวายราชสักการะพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช จากนั้นเสด็จออกจากพระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท ไปอาคารสำนักราชเลขาธิการ โดยรถยนต์พระที่นั่ง เสด็จเข้าภายในอาคารสำนักราชเลขาธิการ ทรงลงพระปรมาภิไธยและพระนามาภิไธยในสมุดแสดงความเสียพระราชหฤทัย
จากนั้นเสด็จออกจากอาคารสำนักราชเลขาธิการ ไปยังพระที่นั่งอัมพรโดยรถยนต์พระที่นั่ง เมื่อเสด็จฯถึง สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จออกทรงรับสมเด็จพระจักรพรรดิและสมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น เมื่อถึงเวลาอันสมควร สมเด็จพระจักรพรรดิและสมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่นทูลลา เสด็จกลับโรงแรมที่ประทับโดยรถยนต์พระที่นั่ง และเสวยพระกระยาหารค่ำเป็นการส่วนพระองค์
และในวันที่ 6 มีนาคม เวลา 11.00 น. สมเด็จพระจักรพรรดิและสมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น เสด็จออกจากโรงแรมแมนดาริน โอเรียนเต็ล กรุงเทพฯ ไปท่าอากาศยานกองบัญชาการกองทัพอากาศโดยรถยนต์พระที่นั่ง และเสด็จออกจากประเทศไทย กลับประเทศญี่ปุ่น โดยเครื่องบินพระที่นั่งเที่ยวบินพิเศษของรัฐบาลญี่ปุ่น
ทั้งนี้ สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ และสมเด็จพระจักรพรรดินี มิชิโกะแห่งญี่ปุ่น ทรงมีความสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นยาวนานกับราชวงศ์ของไทย ในช่วงการครองราชย์นาน 70 ปีของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ
โดยเมื่อทั้ง 2 พระองค์ทรงทราบข่าวการสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช สำนักพระราชวังอิมพีเรียล ของญี่ปุ่น ได้ออกแถลงว่า สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ ซึ่งมีพระชนมายุ 82 พรรษา พร้อมกับจักรพรรดินี มิชิโกะ ได้เริ่มไว้อาลัยเป็นเวลา 3 วันต่อการสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ
พร้อมกันนั้นสมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ ยังได้มอบหมายให้นายชิเคโอะ คาวาอิ ประธานองคมนตรี เป็นตัวแทนพระองค์ไปยังสถานทูตไทยประจำกรุงโตเกียวเพื่อแสดงความอาลัยต่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศอีกด้วย ขณะที่ พระสงฆ์ญี่ปุ่น 1,300 รูป และพุทธศาสนิกชนชาวญี่ปุ่น พร้อมใจประกอบพิธีกรรมทางศาสนาเพื่อถวายเป็นพระราชกุศลแด่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ที่วัด Nenbutsushu จังหวัดเฮียวโกะ
ไม่เท่านั้นในวันที่ 20 ตุลาคม 2559 ซึ่งเป็นวันพระราชสมภพ 82 ชันษา ของสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะแห่งญี่ปุ่น เป็นทางด้านสมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ ได้ทรงตอบคำถามผ่านทางจดหมาย ซึ่งส่งผ่านสมาคมผู้สื่อข่าวประจำสำนักพระราชวังของญี่ปุ่น พระองค์ยังได้ทรงเขียนข้อความระลึกถึงพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เมื่อครั้งพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงให้การต้อนรับพระองค์ในการเสด็จเยือนประเทศไทยเมื่อ 26 กันยายน 2534 ความว่า
"ในค่ำวันที่ 13 ตุลาคม ซึ่งฉันกำลังเริ่มเขียนตอบจดหมายของผู้สื่อข่าว ฉันได้รับข่าวอันน่าเสียใจเรื่องการสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ของประเทศไทย พระองค์ทรงมีอายุมากกว่าฉัน 6 หรือ 7 ปี และทรงให้ความกรุณาต่อฉันเสมือนพี่ชายผู้แสนดีตั้งแต่ฉันยังอายุ 20 กว่าปี ฉันได้ทราบข่าวเรื่องการประชวรของพระองค์ และหวังมาตลอดที่จะมีโอกาสได้พบพระองค์อีกสักครั้ง ฉันขอแสดงความเสียใจมายังสมเด็จพระบรมราชินีนาถ และพระราชวงศ์ไทยทุกพระองค์ รวมทั้งประชาชนชาวไทย ด้วยความอาลัยอย่างยิ่ง"
และเนื่องในโอกาสวันเฉลิมพระชนมพรรษาสมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะแห่งญี่ปุ่น ที่ผ่านมา ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้คณะสื่อมวลชนญี่ปุ่นเข้าเฝ้าฯ พระราชทานสัมภาษณ์ โดยความตอนหนึ่งมีพระราชปรารภถึงพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ด้วยความระลึกถึงว่า " เมื่อเดือนตุลาคมที่ผ่านมา พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชสวรรคต ทั้งนี้ เมื่อปีคริสต์ศักราช 1963 (ปีโชวะที่ 38) ข้าพเจ้าได้เข้าเฝ้าฯ พระองค์เป็นครั้งแรก เมื่อครั้งเสด็จฯ เยือนประเทศญี่ปุ่นในฐานะพระราชอาคันตุกะ