ซากตัวเรือเอลฟาโรถูกพบอยู่ก้นสมุทรลึก 15,000 ฟุต (ราว 4,570 เมตร) ออกไปทางตอนใต้ของเกาะครูก ของบาฮามาส ซึ่งอยู่ในเขตบริเวณสามเหลี่ยมเบอร์มิวดา ขณะที่ส่วนดาดฟ้าซึ่งเป็นห้องควบคุมของเรือ ถูกพบแตกหักห่างออกไปจากตัวเรือราวครึ่งไมล์ (ประมาณ 800 เมตร) ในสภาพยับเยิน กระจกแตกพัง อย่างไรก็ตามไม่พบร่องรอยของลูกเรือหรือสัมภาระของพวกเขา ส่วนตู้คอนเทนเนอร์บรรจุยานยนต์ที่เรือบรรทุกมานั้น หายไปทั้งหมด พบอยู่กับเรือเพียง 4 ตู้เท่านั้น
ซากเรือเอล ฟาโร ถูกพบและระบุตำแหน่งได้แล้วตั้งแต่เดือนตุลาคม หลังเกิเหตการณ์ แต่ภาพชุดนี้เป็นภาพแรกของเรือที่ได้มา โดยได้จากกล้องที่ติดตั้งกับโดรนใต้น้ำควบคุมระยะไกล ครอบครัวของลูกเรือเรืได้ยื่นเรื่องฟ้องร้องบริษัท โทต มารีน เจ้าของเรือ ในข้อหาปล่อยปละละเลยจนนำไปสู่การสูญเสียชีวิต การตัดสินใจนี้เกิดขึ้นเพราะมีเงินมาล่อแท้ ๆ