ในจดหมายของปัญญาชนและกลุ่มองค์กรพัฒนาเอกชนที่มีถึงนายกรัฐมนตรี
นอกจากขอให้ระงับการลงนามข้อตกลงความร่วมมือ(MOU)ระหว่าง สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ) และ สมาคมพุทธศาสตร์สากล ในพระอุปถัมภ์สมเด็จพระมหามังคลาจารย์ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งวัดพระธรรมกายเพื่อให้ สพฐ.ส่งเสริมให้ครูและนักเรียนในสังกัดเข้าโครงการยกระดับมาตรฐานศีลธรรมเชิงบูรณาการจำนวนถึง 10.7 ล้านคนเนื่องจากมีข้อเคลือบแคลงสำคัญหลายประการแล้ว
ในจำนวนข้อเรียกร้องหลายข้อนั้น ข้อหนึ่งคือขอให้มีการตรวจสอบความโปร่งใสทางการเงินของพระในวัดพระธรรมกาย และสถาบันหรือโครงการต่างๆ ที่เกี่ยวกับวัดพระธรรมกายทั้งหมด โดยเฉพาะการสอบสวนถึงการที่อัยการถอนคดีความของเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกายเพื่อตัดตอนการพิจารณาคดีของศาล ว่า มีเงื่อนงำอะไรอยู่เบื้องหลังหรือไม่
เพื่อให้ทราบถึงความเป็นมาของข้อเรียกร้องดังกล่าว จึงขอนำข้อเท็จจริงในการถอนฟ้องคดีนี้เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม 2549 มานำเสนอ
ที่ห้องพิจารณาคดีที่ 704 ศาลอาญา ถนนรัชดาภิเษก ศาลนายสุนพ กีรติกุลผู้พิพากษาอาวุโส เจ้าของสำนวน และองค์คณะออกนั่งบัลลังก์ พิจารณาคดีดำ หมายเลขที่ 11651/2542และคดีดำหมายเลข 14735/2542 ที่พนักงานอัยการฝ่ายคดีอาญา 5 เป็นโจทก์ยื่นฟ้องพระราชภาวนาวิสุทธิ์หรือพระไชยบูลย์ ธัมมชโย หรือนายไชยบูลย์ สิทธิผล อายุ 62 ปี อดีตเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย และนายถาวร พรหมถาวร อายุ 57 ปี ลูกศิษย์คนสนิท เป็นจำเลยที่ 1-2ในความผิดฐานเป็นเจ้าพนักงานและสนับสนุนเจ้าพนักงานผู้มีหน้าที่ จัดการหรือรักษาทรัพย์ใดเบียดบังเอาทรัพย์นั้นเป็นของตนหรือผู้อื่นโดยสุจริต และเป็นเจ้าพนักงานและสนับสนุนเจ้าพนักงานปฏิบัติและละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยสุจริต และโดยมิชอบเพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้อื่น
โดยร่วมกันยักยอกทรัพย์และเงินบริจาคของวัดพระธรรมกาย จำนวน 6.8 ล้านบาท ไปซื้อที่ดินเขาพนมพา ต.หนองพระอ.วังทรายพูน จ.พิจิตร โดยโอนกรรมสิทธิ์ใส่ชื่อนายถาวร จำเลยที่ 2 และเงิน จำนวน 29,877,000บาทไปซื้อที่ดินเนื้อที่ 902 ไร่เศษ ต.หนองพระ อ.วังทรายพูน จ.พิจิตร และ ต.ท่าข้าม อ.ชนแดน จ.เพชรบูรณ์โอนกรรมสิทธิ์ให้จำเลยที่ 2 เช่นกัน
ทั้งนี้ เรืออากาศโทวิญญ วิญญกุล อัยการพิเศษฝ่ายคดีอาญา 5 ยื่นคำร้องขอถอนฟ้องจำเลยทั้งสองต่อศาลเมื่อวันที่ 21 สิงหาคม 2549 สรุปว่า ตามที่โจทก์ยื่นฟ้องจำเลยทั้งสอง เมื่อวันที่ 4 ตุลาคม 2542 และวันที่ 16 ธันวาคม. 2542 ตามลำดับโดยกล่าวหาว่า จำเลยทั้งสองกับพวกที่ยังไม่ได้ตัวมาฟ้องร่วมกันกระทำผิด
โจทก์ขอเรียนว่าการดำเนินคดีนี้ สืบเนื่องจากจำเลยที่ 1 กับพวกไม่ปฏิบัติตามพระลิขิตของสมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ที่มีว่า ความบิดเบือนพระพุทธธรรมคำสั่งสอนโดยกล่าวหาว่าพระไตรปิฎกบกพร่อง เป็นการทำให้พระสงฆ์ที่หลงเชื่อคำสอนบิดเบือนแตกแยกออกไปกลายเป็นสองฝ่าย มีความเข้าใจความเชื่อถือ พระพุทธศาสนาตรงกันข้าม เป็นการทำลายพระพุทธศาสนาทำให้พระสงฆ์แตกแยกเป็นอนันตริยกรรม มีโทษทั้งปัจจุบัน และอนาคตที่หนัก